Vor allem die Islamische Moro — Befreiungsfront (MILF) in der Provinz Basilan, die für einen islamischen Staat auf der Insel Mindanao kämpft, bindet einen Großteil der philippinischen Ressourcen. In diesem „Anti-Terror-Kampf“ konnten die Philippinen einige Erfolge erzielen.
Bei den „Moro“ handelt es sich um die Unabhängigkeitsbewegung südwestphilippinischer Stämme, die seit dem 14. Jahrhundert durch arabische Händler zum Islam bekehrt wurden und von den Spaniern (Mauren = Moros) als Sammelname für die nichtchristlichen – indonesischen Stämme der südlichen Philippinen (Mindanaio und Sulu-Archipel – im Gegensatz zu den christlichen Tagalen der Nordinseln — gebraucht wurde.
Nachdem amerikanische Truppen zu Beginn des Jahres 1902 die vorher – auch von den spanischen Kolonialherren – noch weitestgehend respektierte innere Selbstverwaltung der islamischen Herrscher übernahmen und Garnisonen errichteten erfolgte ein breiter Volksaufstand der „Moro“, der erst 1913 nach brutalsten Auseinandersetzungen durch massiven Einsatz von Infanterie, US-Navy- und Marineinfanterie niedergeschlagen werden konnte. Die „Moros“ verwendeten damals bereits Elemente der „asymmetrischen Kriegsführung“, vom klassischen Guerilla-Dschungelkampf bis hin zu Selbstmordattentaten aus Gruppen von Zivilisten.
Der Unabhängigkeitswille der islamischen Moros gegen die christlichen Tagalen – Tagalog ist heute Amtssprache der Philippinen – lebte nach der Unabhängigkeit der Philippinen von den Vereinigten Staaten (Juli 1946) wieder auf und blieb bis heute (mit Unterbrechungen) lebendig.
Besonders in Erscheinung treten die Moro National Libertation Front (MNLF, 1969 gegründet, zu der in der „Hochzeit“ bis zu 30.000 Kämpfer gehörten) sowie die aus der MNLF hervorgegangene Bangsa Moro Liberation Organisation (BMLO) und die Moro Islamic Liberation Front (MILF), die auch untereinander konkurrieren.
Während die MNLF lediglich eine Autonomie innerhalb der Philippinen anstrebt und sich derzeit eher um eine friedliche Einigung (Deeskalation) mit der philippinischen Zentralregierung einsetzt, ist die MILF um eine völlig Sezession bemüht.
Ende 2002 sollen rund 25.000 aktiven Moro-Kämpfer im Bereich der südlichen Philippinen aktiv sein, wobei sich die MILF- und MNLF-Bewegungen vor allem mit Angriffen auf militärische und politische Ziele befassen.Eine weitere der Moro-Rebellengruppen der Südphilippinen bildet die kleine (wohl nicht einmal 1.000 Mann starke), erst 1991 entstandene fundamenstilistisch islamitische „Abu Sayyaf“ Bewegung, die durch besondere Härte und Fanatismus auffällt und der Kontakte zu Osama bin Laden nachgesagt werden.
Nachdem noch im Oktober 2002 sechs Bombenanschläge – vermutlich durch Abu-Sayyaf-Rebellen aus dem Gebiet der Inselgruppen zwischen Sulu- und Celebes-See (Mindanai, Basilin, Jolo) – verübt worden waren, gelang im gleichen Monat unter Leitung eines philippinischen Kommandeurs und mit Beteiligung von zwei Eliteeinheiten der US-Navy mit US-Hubschraubern vom Typ MH-47 Chinook der Zugriff auf den Abu-Sayyaf-Kommandanten „Abu Sabaya“.
Auch die Abu Sayyaf-Rebellen erstreben eine Sezession, darüber hinaus aber wohl auch noch die Errichtung eines fundamentalistisch islamischen Staates.Daneben gibt es kleinere maoistische Splittergruppen wie die NPA und die NDF, deren Ziel die Übernahme der Regierung im Gesamtstaat und die Umwandlung in ein marxistisch-kommunistisches Staatswesen ist.
Inzwischen mehren sich auch die Anzeichen, dass die philippinischen Islamistengruppen eng mit Rebellen aus Indonesien (Jennah Islamiah) zusammenarbeiten. Der verwendete Plastiksprengstoff C‑4 aus dem Bombenattentat auf Bali soll mit einem Bombenanschlag an Silvester 2000 auf dem Bahnhof in Manila und einem Anschlag von Mitte Oktober auf einen Bus im Großraum Manila identisch sein.
Sollten sich diese Anzeichen bestätigen, wird dies zu einer stärkeren Zusammenarbeit der betroffenen ASEAN-Staaten bei der Terroristenbekämpfung führen.