Innere Konflikte:
Die wichtigste Einnahmequelle, der Tourismus u.a. durch Inder, versiegte durch die anhaltenden bürgerkriegsähnlichen Kämpfe im Land. Nicht zuletzt strich die Fluggesellschaft Air India alle Flüge nach Nepal wegen der Entführung eines Flugzeuges mit 154 Gästen an Bord im Dezember 1999 auf dem Flughafen in Katmandu durch 5 islamische anti-indische Kaschmir-Rebellen. Diese entführten das Passagierflugzeug nach Kandahar in Afghanistan und erpressten erfolgreich die Freilassung von 3 prominenten Führer der Kaschmir-Sepratisten. Der amtierende nepalesische Ministerpräsident Krishna Prasad Bhattarai mußte deshalb 3 Monate später zurücktreten.
Durch die Ermordung der Königsfamilie im Juni 2001, darunter auch König Birendra Sháh, durch den Kronprinz Diprendra (im Alkhohl- und Drogenrausch) fiel das Land in tiefer Trauer. Durch die Ermordung des beleibten Monarchen kam es im Land zu schweren Unruhen. Die innere Sicherheit wurde mit Ausgangssperre und Schießbefehl der Sicherheitskräfte wieder hergestellt. Der neue König Gyanendra Bir Bikram Sháh, ein Bruder des ermordeten Königs Birendra, gilt als wenig beliebt im Land. Sein Kronprinz Prada ebenfalls, der als gewalttätig und für den Tod mehrer Menschen verantwortlich sein soll. Beide hielten sich während des Massakers am Königshof nicht auf. Die innere Stabilität des Landes und der Monarchie ist noch nicht wieder hergestellt.
Hinzu kommt der Konflikt mit der maoistischen Untergrundorganisation CPN‑M (Communist Party of Nepal-Maoist), die seit 1996 schwere Kämpfe mit der nepalesischen Armee führt. Ein erstes offizielles Treffen mit der CPN‑M im Oktober 2000 scheiterte. An den bis heute anhaltenden Kämpfen starben über 1.700 Menschen auf beiden Seiten.
Als Hochburgen der CPN‑M, teilweise mit anderen kommunistischen Gruppierungen, gelten die westlichen Bezirke Rolpa, Rakum, Jajarkot und Salyan. Teilweise konnte die CPN‑M den Kampf bis in die Hauptstadt Katmandu tragen. Gelegen kamen den maoistischen Kämpfern auch die Generalstreiks im Dezember 2000, April 2001 und Juli 2001, die das öffentliche Leben in den Städten lahmlegten, und von der marxistisch-leninistischen Partei CPN-UML (zweitstärkste Partei im Land — 32 %) organisiert wurden.
Die nepalesische Regierung verschärfte dafür die Gesetze zur inneren Sicherheit und baute eine 15.000 Mann starke paramilitärische Sonderpolizei (bewaffnete Polizeikräfte) auf. Erstmals griffen im Juli 2001 Truppen der RNA Royal Nepal Army ein und töteten 160 Rebellen. Menschenrechtsverletzungen sind in Nepal bis heute an der Tagesordnung.
Der nepalesische Geheimdienst NIID Nepal’s National Investigation Department arbeitet im Bereich Terrorismusbekämpfung seit 2002 mit der US-Bundespolizei FBI zusammen.
In Nepal leben außerdem noch 110.000 Bhutaner nepalesischer Herkunft , die in 7 Flüchtlingscamps der UN-Organisation UNHCR leben und bis heute nicht nach Bhutan zurückkehren dürfen.