Seit dem 1.07.2005 ist Konteradmiral Anders Grenstad Inspekteur der Marine. In ihr dienen etwa 5.072 Mann, davon etwa 2.500 Wehrpflichtige. Organisatorisch ist die schwedische Marine seit dem 1. Januar 2005 in drei Flottillen eingeteilt, die auf den Stützpunkten Karlskrona (1. und 3. Flottille) und Haninge (4. Flottille) stationiert sind. Die 3. Flottille wurde 2004 gebildet, als der Minenräum- mit dem Kampfverband zusammengelegt wurde. Neben der 4. Flottille ist auch das Amphibienregiment im unweit gelegenen Haninge stationiert. In Karlskrona und Muskö liegen umfangreiche Versorgungseinrichtungen und Instandhaltungswerkstätten der Marine. Die Docks und Werkstätten von Muskö sind unterirdisch in Granitgestein eingehauen und gelten als absolut sicher vor Angriffen mit konventionellen und Kernwaffen.
An der Marineschule (Sjöstridsskolan) in Karlskrona werden sowohl Wehrpflichtige als auch Kadetten und Offiziere ausgebildet, Weiterbildungskurse abgehalten sowie Studien zur Weiterentwicklung von Seetaktik und ‑technik durchgeführt. Die Schule verfügt für die seemännische Ausbildung über zwei Segelschoner, die HMS GLADAN und HMS FALKEN.