Eine weitere, für den Außenstehenden manchmal nur schwer nachvollziehbare Herausforderung ergibt sich aus der Parallelität von Grundbetrieb und Einsatz, vom ersten Kommandeur, Flottillenadmiral Krause, als »Zwei-Welten-Problematik« bezeichnet. »Es ist festzustellen, dass in der Einsatz- und in der rückwärtigen Welt die Uhren mit unterschiedlichen Geschwindigkeiten ticken«, hat er dazu weiter ausgeführt. Hinter diesem plakativen Vergleich steckt die schlichte Erkenntnis, dass die Einsätze eine hohe Priorität genießen und in hohem Maß Flexibilität, Entscheidungsfreude sowie häufig auch Pragmatismus erfordern, während der militärische Alltag, der Grundbetrieb, mit immer neuen Gesetzen, Weisungen und Vorschriften konfrontiert wird. Diese Schere zwischen Einsatzrealität und Anspruch der Transformation einerseits sowie administrativer Wirklichkeit andererseits, als »Anwalt« der unterstellten Verbände zu verkleinern, ist eine ständige Aufgabe des Stabes.
Darüber hinaus gibt es eine Vielzahl an Einzelaspekten, die dafür sorgen werden, dass in der Einsatzflottille 1 »Langeweile« dauerhaft ein Fremdwort bleiben wird; sei es die operative Integration der neuen Korvetten; sei es die weitere Ausgestaltung der Minentaucher-Komponente; sei es die Regeneration des Führungsnachwuchses für einzelne Waffensysteme vor dem Hintergrund künftig nur noch geringer Stückzahlen, beispielsweise bei den U‑Booten; oder sei es die permanente Überprüfung der eigenen Stabsstrukturen, um dauerhaft größtmögliche Effektivität und Synergieeffekte zu gewährleisten.
Hinsichtlich der nach innen gerichteten Betrachtung der Einsatzflottille 1 und ihrer nachgeordneten Verbände lässt sich zusammenfassend aber sagen, dass die Umstrukturierung im Sinne ihrer bisherigen Vorgaben gelungen und damit ein großer Schritt der Transformation ein Erfolg geworden ist. Gab es in der Anfangszeit durchaus Irrungen und Wirrungen, insbesondere hinsichtlich der Kompetenzen und der vielfältigen »Expertise-Schnittstellen«, so hat sich nach nunmehr zweieinhalb Jahren ein Gemeinschaftsdenken durchgesetzt, das weg vom traditionellen »Typflottillendenken« hin zu einem ganzheitlichen Ansatz, so ziemlich die gesamte Besatzung erfasst hat. Jeder hält mit Stolz seine Wurzeln hoch, und längst sind nicht alle Baustellen unter einem trockenen Dach, aber das bisher Erreichte vereint dennoch alle Besatzungsmitglieder. »Pioniergeist« und »Innovation« scheinen nicht mehr Fremdworte, sondern Motivationsfaktoren zu sein. Mental so gerüstet, blickt die Einsatzflottille 1 auf alles, was am Horizont erscheint, sei es als Lichtstrahl oder auch als dunkle Wolke.